В центре перешейка полуострова Святой Нос находятся озера Большой и Малый Арангатуй – это самые большие озера на территории национального парка (площадь озер – около 55 км2, длина – 12 км, ширина – 4-8 км, глубина – 10-12 м).
Название "Арангатуй" произошло от бурятского слова "аранга" – "помост, вышка на столбах", которые использовались для охоты на диких зверей или хранения в лесу продуктов.
Арангатуй – место гнездования редких и исчезающих птиц: лебедей, цапель, журавлей, гагар. Безымянные острова между Малым и Большим Арангатуем представляют собой уникальные миниатюрные орнитологические комплексы. С наступлением весны здесь собираются птичьи базары, и над озером стоит птичий гомон. Озеро – наиболее благоприятное место для обитания и гнездования водных и околоводных птиц.
Кроме поселений сизых и озерных чаек, здесь гнездятся 8 видов пластинчатоклювых и 6 видов воробьиных птиц. Утиные на озере распределены довольно равномерно. Среди них преобладают нырки. В озере и его заливах водится рыба: елец, язь, сазан, окунь, щука и другие виды.
Озера соединяются протокой Исток с Чивыркуйским заливом. Они окружены мохово-осоковыми болотами с многочисленными мочажинами. С востока и юго-востока к Большому озеру подступает сильно заболоченный разреженный лес с ельником, березовым редколесьем и болотным кустарником из багульника. Расстояние от берега Баргузинского залива до озера – около 7 км. Для экскурсии на озеро нужна резиновая лодка.
